Secara keseluruhan, 53 negara mengambil bahagian; Walau bagaimanapun, disebabkan oleh adanya dua tuan rumah kejohanan', 52 pasukan sahaja yang telah terlibat dalam setiap pertandingan. Afrika Selatan layak secara automatik sebagai tuan rumah untuk Piala Dunia,[1] dan Angola layak sebagai tuan rumah untuk Piala negara-negara Afrika. Kedua-dua pasukan terlibat namun bertanding dalam fasa kelayakan untuk cuba untuk layak ke kejohanan yang lain.
Lima perlawanan pemecah kalah mati pada asalnya diperlukan, yang melibatkan sepuluh negara-negara Afrika kedudukan paling rendah (berdasarkan kedudukan FIFA pada Julai 2007). Cabutan sebenar nampaknya dijalankan sehari sebelum format yang telah diumumkan oleh CAF. 'Pasangan masing-masing ialah:[3]
São Tomé dan Príncipe dan Republik Afrika Tengah kedua-dua menarik diri pada awal September. Hasilnya, Swaziland dan Seychelles (kedudukan tertinggi daripada sepuluh negara) tidak lagi diperlukan untuk bermain dalam pusingan ini, dan pasukan mereka pada asalnya dipadankan dengan, Somalia dan Djibouti, adalah dilakar semula dan bukannya untuk bermain antara satu sama lain.[4] Perlawanan pemecah antara Djibouti dan Somalia telah dimainkan sebagai satu perlawanan di Djibouti, kerana Somalia tidak dianggap sesuai untuk perlawanan FIFA; kedua-dua perlawanan pemecah yang lain telah dimainkan sebagai dua perlawanan.
48 kelayakan (45 peserta secara langsung ditambah 3 pemenang pusingan pertama) telah berpecah kepada 12 kumpulan 4 dalam cabutan yang diadakan di Durban, Afrika Selatan pada 25 November 2007. Pasukan dalam setiap kumpulan memainkan pusingan kumpulan tempat sendiri dan tempat lawan pada tahun 2008, dengan 12 pemenang kumpulan dan 8 naib juara terbaik mara ke pusingan ketiga. Tidak semua kumpulan yang sama besar selepas pengecualian Habsyah dan penarikan diri Eritrea, apabila melihat kedudukan naib juara, keputusan mereka menentang pasukan tempat ke-4 yang diletakkan kumpulan mereka tidak akan dikira.[5]
Angola dan Uganda adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.
Nota: Angola telah layak secara automatik sebagai tuan rumah Piala Negara-Negara Afrika 2010. Walau bagaimanapun, mereka tertakluk kepada peraturan yang sama seperti negara-negara lain untuk meneruskan ke peringkat seterusnya dalam kelayakan. Kegagalan untuk memajukan kumpulan ini menyingkirkan mereka dari kelayakan untuk Piala Dunia FIFA 2010.
Afrika Selatan dan Sierra Leone adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.
Nota: Afrika Selatan telah layak secara automatik sebagai tuan rumah kepada Piala Dunia FIFA 2010. Walau bagaimanapun, mereka tertakluk kepada peraturan yang sama seperti negara-negara lain untuk meneruskan ke peringkat seterusnya dalam kelayakan. Kegagalan untuk memajukan kumpulan ini menyingkirkan mereka dari kelayakan untuk Piala Negara-Negara Afrika 2010.
Pada 19 Mac 2008, FIFA mengumumkan penggantungan serta-merta pada Persekutuan Bola Sepak Madagaskar (FMF).[7] Penggantungan itu ditarik balik pada 19 Mei 2008.[8]
Maghribi dan Rwanda adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.
Habsyah telah bermain empat perlawanan dalam kumpulan ini, sebelum FIFA mengumumkan penggantungan serta-merta pada Persekutuan Bola Sepak Habsyah (EFF) pada 29 Julai 2008.[9]
Pada 12 September 2008, FIFA mengecualikan EFF dari kelayakan Piala Dunia 2010 dan keputusan perlawanan mereka telah dibatalkan.[10] Walaupun ia tidak jelas sama ada mereka juga jelas termasuk dalam Piala Negara-Negara Afrika 2010, kegagalan mereka untuk melengkapkan baki perlawanan menyingkirkan dengan berkesan mereka daripada kejohanan itu.
Sudan dan Congo adalah kedudukan dengan perbezaan gol mereka secara keseluruhan.
Pada 28 Mac 2008, FIFA mengumumkan penggantungan serta-merta daripada Persekutuan Bola Sepak Chad (FTFA).[11] Penggantungan itu ditarik balik pada 7 Mei 2008.[12]
Chad telah dibatalkan daripada kelayakan Piala Negara-Negara Afrika 2010 selepas gagal muncul untuk perlawanan di tempat lawan menentang Sudan, walaupun ada jaminan keselamatan. Perlawanan itu kemudiannya dijadualkan semula. Hanya perlawanan antara Mali, Sudan dan Congo telah diambil kira bagi kelayakan pusingan kedua pusingan awal Piala Negara-Negara Afrika. Walau bagaimanapun, Chad masih mampu melayakkan diri ke Piala Dunia FIFA 2010.[13] Ini boleh membawa kepada komplikasi jika Chad telah mara ke pusingan seterusnya atau jika pengecualian Chad pemenang kumpulan sekarang dalam kedudukan kumpulan alternatif telah menghasilkan perbezaan dan memberi kesan pada kedudukan tempat kedua.
Bersama-sama dengan 12 juara kumpulan, 8 kedudukan naib juara teratas turut mara ke pusingan ketiga. Kerana tidak semua kumpulan mengandungi jumlah pasukan yang sama, hanya keputusan menentang pasukan pertama dan ketiga diletakkan di dalam setiap kumpulan dikira.
20 baki dua pihak telah berpecah kepada lima kumpulan empat. Cabutan untuk kumpulan telah mengambil tempat pada 22 Oktober 2008 di Zürich, Switzerland.[15]
Lima juara kumpulan akan layak ke Piala Dunia FIFA dan Piala Negara-Negara Afrika pada tahun 2010. Bersama-sama dengan mereka, lima naib juara dan lima pasukan tangga ketiga, layak ke Piala Negara-Negara Afrika.
Pasukan diletakkan sebagai pilihan berdasarkan Kedudukan Dunia FIFA pada Oktober 2008 (nombor dalam kurungan) mereka.[16] Satu pasukan dari setiap bahagian berikut telah ditarik ke dalam setiap kumpulan.[17]