Nintama Rantarou mempunyai banyak lagu yang disusulkan bersama sebagai runut bunyi dan sebagai lagu ketika kredit pembukaan dan penutup. Lagu pembukaan bagi anime ini hanya satu sahaja iaitu Yuuki 100% (Keberanian 100%) yang dinyanyikan asalnya oleh Hikaru Genji. Lagu penutup pula terdapat pelbagai lagu yang diubah dari musim ke musim, hari ke hari, minggu ke minggu, tahun ke tahun.
Album ini mengandungi lagu pembukaan "Yuuki 100%", dan begitu juga versi asal "Shiho Happo Hijideppo" (lebih perlahan berbanding versi lagu penutup dalam siri televisyen), dan versi perlahan lagu "Dancing Junk" (kredit penutup pertama). Juga, "Nintama Family Goshoukai (Introductions) no Dan" merupakan lagu rap yang setiap baris adalah bagi watak Gakuenchou, Yamada Denzou, Doi Hansuke, Yamamoto Shina, Tomomi, Yuki, Shige, Shinbe, Kirimaru, dan tentunya Rantarou. Lagu terakhir, "Nin Nin Nintama Ondo" digunakan bagi video muzik termasuk dalam siri ketiga pita video, begitu juga kredit penamat filem (dengan video muzik yang sama sebenarnya).
Selain lagu "Yuuki 100%" versi televisyen, tiada satu pun lagu dalam album ini ada dalam album runut bunyi yang pertama. Lagu "Nintama Hoshuujugyou", yang dinyanyikan oleh penata suara bagi Rantarou, Kirimaru, dan Shinbei adalah lagu ajukan bagi tema Kunoichi. "Reggee de Hemuhemu" pula merupakan lagu tema bagi watak Hemuhemu. Suara Yuki pula berlainan berbanding yang pertama.
BPenata suara "Nintama Family":
Rantarou: Takayama Minami
Kirimaru: Tanaka Mayumi
Shinbei: Suzuki Mie
Yuki: Tange Sakura
Tomomi: Emori Hiroko
Shige: Muta Akiko
Gakuenchou: Tsujimura Mahito
Doi Hansuke: Seki Toshihiko
Yamamoto Shina: Kobayashi Yuuko
Shokudou no Obachan: Tomoe Seiko
Hemuhemu: Matsuo Ginzou
Yamada Denzou: Ootsuka Chikao
Nintama Rantarou: Original Soundtrack: On no San (OST 3)